A estrutura do AMUN 2026 preserva o modelo de secretariado triplo, Secretariado-Geral, Acadêmico e Administrativo, e conta com células especializadas em áreas como Arte e Marketing, Cerimonial, Logística, Relações Públicas, Gestão de Pessoas e Finanças. Além disso, cada parte do projeto é pensada com atenção aos detalhes, desde o treinamento de diretores até a logística dos espaços e o acolhimento de participantes.

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​Englobados pelo escopo da secretaria acadêmica, além do Comitê de Adequação e Treinamento (CAT), responsável pela capacitação acerca de regras e procedimentos e pela prestação de suporte contínuo ao longo da conferência, estão previstos cinco comitês temáticos: a Corte Interamericana de Direitos Humanos (CIDH), de caráter jurídico, conduzido em português, o comitê será palco de um julgamento centrado na responsabilização do Estado sobre violações aos direitos humanos e sobre a  preservação da memória como escolha política e como instrumento de construção da soberania; a Organização dos Estados Americanos (OEA), conduzido em inglês, o debate será direcionado às disputas por soberania territorial em áreas geopoliticamente e ambientalmente estratégicas a partir da expansão do crime transnacional na Amazônia; a Comunidade de Estados Latino-Americanos e Caribenhos (CELAC), conduzido em portugês, o comitê, com ênfase econômico, abrigará a  discussão sobre as face políticas do financiamento externo, tensionando o reforço da dependência e o avanço no desenvolvimento regional; o Conselho de Segurança das Nações Unidas (CSNU), conduzido em inglês, o comitê encapsula os desafios práticos da deliberação global, abrangendo através de sua temática, centrada na intervenção militar, a análise crítica dos limites do Direito Internacional; e o  Comitê de Imprensa, que simulará a cobertura jornalística dos debates trazendo à tona na prática os desafios da regulação midiática sob a ótica soberania digital;